1991年，时任齐齐哈尔第一机床厂教育处副处长曹勇安创办了民办黑龙江东亚大学。1993年黑龙江东亚大学合并工厂职工大学后，于1993年12月25日与工厂签订了分离合同，走上了一条“自主办学，自担费用、自我完善、自我发展”的民办教育发展之路，开启了全国“公转民”办学体制改革的先河。2001年3月，学校成为黑龙江首批高职院校之一， 校名为齐齐哈尔职业学院。2011年，学校经教育部批准升格为普通本科高校，更名为齐齐哈尔工程学院，成为齐齐哈尔市第一所市属本科大学。2019年，学校顺利通过国家本科教学工作合格评估。
齐齐哈尔工程学院总占地面积86.7万平方米，建筑面积33万余平方米；校内建有本科实验场所121个；教学科研仪器设备总值7865.43万元；馆藏纸质图书94.49万册，电子图书42.4万册；室内、外运动场地总面积7万余平方米；校园环境优美，文化氛围浓厚。
齐齐哈尔工程学院以地方经济社会发展需求为导向，不断优化专业布局，设有机电工程系、建筑工程系、信息工程系、管理工程系、康护工程系、马克思主义学院等8个二级教学单位；开设25个本科专业；现有全日制在校生8400余人。