1949年，中国人民解放军解放新疆的进军途中，第一兵团司令员王震指示创办了中国人民解放军第一兵团卫生学校（1978年发展为石河子医学院），成为石河子大学的前身。
1958年，兵团党委创办兵团农学院（1979年改名石河子农学院），1959年创办了兵团会计培训队（1987年发展为兵团经济专科学校），1960年创建了兵团师范专科学校（1983年成立兵团教育学院）。
1996年，石河子医学院、石河子农学院、兵团经济专科学校和兵团师范专科学校合并组建石河子大学。
2000年，入选国家西部大开发重点建设高校。
2004年，入选省部共建高校。
2008年，入选国家“211工程”重点建设高校。
2012年，入选“中西部高校基础能力建设工程”高校和“中西部高校综合实力提升工程”（一省一校）高校。
2017年，入选国家“双一流”（一流学科）建设高校。
2018年，成为教育部与新疆生产建设兵团“部省合建”高校。
2022年，入选新一轮国家“双一流”建设高校。
石河子大学现有党政机构20个，群团组织2个，教学机构23个，教辅机构10个，科研机构4个，附属单位5个。
石河子大学现有经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学11大学科门类。学校有100个本科专业（招生专业90个左右）（28个国家一流专业建设点、20个省级一流专业建设点）、9个一级学科博士学位授权点（应用经济学、生物学、机械工程、化学工程与技术、农业工程、作物学、园艺学、畜牧学、工商管理学）、1个专业学位博士授权点（土木水利）、30个一级学科硕士学位授权点、31个专业学位硕士授权点。4个博士后科研流动站、2个博士后科研工作站。现有国家一流建设学科1个（化学工程与技术）、国家重点学科1个（作物栽培学与耕作学）、部省合建学科群2个（化学工程与技术、农业工程）。临床医学、农业科学、化学、植物与动物科学、工程学、材料科学、环境/生态学7个学科进入ESI全球前1%。
石河子大学现有教职工2721人，专任教师2004人（教授407人、副教授765人）。现有中国工程院院士2人，入选国家人才项目40人次，国务院特贴专家76人，全国高校黄大年式教师团队2个，自治区、兵团级人才204人。
石河子大学历任校长
石河子大学郑国瑛1996.06—2000.01
石河子大学向本春2000.10—2017.03