哈尔滨工程大学源自1953年创办的中国人民解放军军事工程学院（哈军工），陈赓大将为首任院长，毛泽东主席为学院颁发《训词》，1959年被中共中央确定为全国重点大学。1966年退出军队序列更名为哈尔滨工程学院。1970年在哈军工原址以海军工程系为主体组建哈尔滨船舶工程学院（哈船院），1978年被国务院确定为全国重点大学。1994年更名为哈尔滨工程大学（哈工程）。
哈尔滨工程大学现有一级学科博士学位授权点15个，一级学科硕士学位授权点32个，博士专业学位类别3个，硕士专业学位类别11个，博士后科研流动站12个，博士后科研工作站3个。现有本科招生专业43个，国家级一流本科专业建设点33个，通过工程教育专业认证的专业18个。学校工程学、材料科学、计算机科学、化学、环境/生态学、物理学6个学科进入ESI前1%，其中工程学进入世界前1‰。