南京中医药大学翰林学院始建于2002年3月，2005年5月教育部批准为独立学院。2010年9月，学院移址素有“文昌水秀，祥泰之州”之誉的苏中历史名城泰州市办学，与国家级医药高新技术产业开发区强劲合作，开启了学院蓬勃发展的新纪元。
南京中医药大学翰林学院现设有中医学、中医学（中医全科医学）、针灸推拿学、中西医临床医学、护理学、应用心理学、康复治疗学、中药学、药学、制药工程、药物制剂、中药资源与开发、生物制药、药事管理、国际经济与贸易、市场营销、公共事业管理（卫生事业管理）、公共事业管理（医疗保险）、财务管理、信息管理和信息系统等20个本科专业和专业方向，具有相关专业独立的学士学位授予权、高校教师资格认定权和高校教师职称自评权。