黔南民族医学高等专科学校创建于1985年11月，是经教育部批准设立的全日制普通高等专科学校，在黔南州第二人民医院基础上改建成立，是当时西南三省唯一的医学专科学校，1992年更名为黔南民族医学高等专科学校。2003年，成立45年的黔南州卫生学校并入。目前，学校是教育部、卫生部首批“卓越医生教育培养计划”改革试点院校，全国国防教育特色学校、全国民族团结进步示范学校、贵州省人才基地、全省安全文明校园、贵州省养老服务人才培训基地、黔南州人才基地，是中国特色高水平卫生健康高职学校建设联盟和中国卫生健康思想政治工作促进会理事单位。
黔南民族医学高等专科学校现有杉木湖、青云湖和东山三个校区，校园总占地面积1167.17亩，校舍面积31.27万平方米，教学科研行政用房面积19.16万平方米。教学仪器设备总值1.61亿元，纸质图书80.82万册，电子图书45万册。教学医院、实习医院和企业等实习基地122家，专业实习对口率100%。设有医学系、护理系、药学系、医学检验系、医学影像系、口腔系、马克思主义教学部、基础医学部、公共课教学部、高等职业教育与成人继续教育部，第一附属医院（黔南州人民医院）、第二附属医院（黔南州中医医院）、附属都匀医院（都匀市人民医院）、附属匀东卫生院、临床技能实训中心、黔南民族卫生学校、职业技能等级认定机构等“六系四部四院一中心一校一机构”。
黔南民族医学高等专科学校现有教职工700人（含附院），其中专任教师590人，研究生以上学历教师242人；高级职称教师312人，其中正高职称教师96人、副高216人。全国优秀教师1人，省级优秀教师2人，省级职教名师4人，贵州省千层次人才计划3人，贵州省最美劳动者3人，州管专家2人，州政府特殊津贴专家1人，州级优秀教师和先进教育工作者10人。
黔南民族医学高等专科学校现开设有临床医学、中医学、口腔医学、针灸推拿、预防医学、中医康复技术、护理、护理（中医护理方向）、护理（老年护理方向）、药学、中药学、药品经营与管理、药品生产技术（中药制药方向）、助产、口腔医学技术、医学检验技术、医学影像技术、体育保健与康复等18个专业（专业方向），主要开展三年制专科、初中起点五年一贯制专科、成人继续教育和医学类、职业技能培训与等级认定工作。现有中央财政支持的专业能力提升项目2个，省级重点专业群2个、省级骨干专业3个、省级特色专业1个，特色骨干专业2个、教改重点专业1个，优秀教学团队3个、省级大师工作室1个、精品开放课程5门，省级开放实训基地及省级高水平专业化产教融合基地3个，省级职教名师4人，4门课程参与国家教学资源库建设。近年来，获省级教学成果奖一、二等奖2项，省级教育科学研究优秀成果二、三等奖4项，省级及以上技能比赛一、二、三等奖50多项。