新疆维吾尔医学专科学校创办于1984年9月，是我国唯一一所培养维吾尔医药专门人才的高等专科学校，同时也是维吾尔医药理论挖掘整理、传承创新及维医临床技能和维药新药研究开发的科研基地。1989年向教育部（原国家教委）正式备案。2011年9月，隶属关系由自治区卫健委（原卫生厅）调整至自治区教育厅；2018年7月，隶属关系由自治区教育厅调整至和田地委、行署。
新疆维吾尔医学专科学校共有2个校区，占地总面积2762亩，其中主校区70亩，新校区1382亩，附属医院30亩，药材基地1280亩。在自治区、和田地区和社会的大力支持下，新维医专在人才培养、科学研究、社会服务、文化传承创新、合作交流等方面都取得了长足进展。目前，学校设有医疗系、药学系、护理系和检验康复系4个系部，学校先后开设维吾尔医学、维吾尔药学、护理、医学检验技术、康复治疗技术、助产、医学影像技术、中药学和公共卫生管理9个专业。学校现有实验室34个、附属医院1个，校外实习实践基地144个。经过近四十年来的建设和发展，新维医专形成了现代医学、中医药学（含维医药学）高等教育医教研协同发展的办学格局，为自治区经济发展、社会进步、科技创新、医疗服务、文化传承、民族团结、边疆稳定做出了积极贡献，已成为一所具有鲜明办学特色的地方高水平应用型医药学校。
新疆维吾尔医学专科学校现有教职工549人。其中，专任教师408人，具有正高级职称21人，副高级职称90人，中级职称76人，初级职称92人；已取得博士研究生学历的18人（我校14人、柔性支教3人、援疆1人），目前在读9人（1人在职读博），已取得硕士研究生学历92人（我校80人、柔性支教4人、援疆4人、医院调入4人），目前在读7人（1人在职读研）。被评为自治区级教学能手1人，校级教学名师6人。有校级名师工作室2个。
新疆维吾尔医学专科学校现有全日制在校大专学生7620人。其中，在校大专生4320（新生2284）、实习生3300人。生源有来自新疆、甘肃、宁夏、江西、贵州等23个省市的汉族、维吾尔族、回族、哈萨克族、柯尔克孜族、蒙古族等33个民族组成。