杭州医学院的前身为创建于1925年的浙江省立女子产科学校，历经浙江省立杭州高级医事职业学校、浙江省杭州卫生学校、浙江省卫生学校、浙江医学高等专科学校等，2016年升格为医学本科院校，至今已有90多年办学历史。浙江省医学科学院的前身为创建于1928年的杭州热带病研究所，历经浙江卫生实验院、浙江医学科学院、浙江人民卫生实验院、浙江医学研究院等，1987年更名为浙江省医学科学院。2019年，原浙江省医学科学院与原杭州医学院整体合并组建新杭州医学院。
杭州医学院现有临安、黄龙、滨江、青山湖四个校区。学校占地957174.93平方米（1435.76亩），校舍建筑面积40.36万平方米。现有教学科研仪器设备总值4.12亿元，拥有中外文专业数据库等数字资源15种；有直属附属医院1家（浙江省人民医院），非直属附属医院14家，校外实践教学基地两百余家。