福建医科大学创建于1937年，是我国建校较早的公立本科医学院校之一。
福建医科大学现有旗山、乌山2个校区，规划占地约1550亩。设有23个学院（部），30个本科专业。现有教职医护员工15081人（含附属医院），在校全日制学生18000多人。与海内外120多所高校和科研院校开展了多层次、多角度的交流合作。
福建医科大学现有临床医学、基础医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学等博士学位授权一级学科6个，临床医学、口腔医学等博士专业学位授权点2个；硕士学位授权一级学科9个，硕士专业学位授权点10个。现有临床医学、基础医学、公共卫生与预防医学、药学4个博士后科研流动站，4个博士后工作站，2个院士工作站。临床医学、药理学与毒理学、化学、神经科学与行为学、生物学与生物化学、分子生物学与遗传学、免疫学等7个学科进入ESI全球排名前1%。
福建医科大学拥有附属协和医院、附属第一医院、附属第二医院、附属口腔医院等4所直属附属医院。拥有协和临床医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、省立临床医学院、福总临床医学院、妇儿临床医学院、肿瘤临床医学院、宁德临床医学院等8所临床医学院。在福建省设有非直属附属医院10所，临床教学医院29所，非直属附属疾控中心3个，专业实践教学基地100个。附属医院中拥有神经内科、血液内科、心脏大血管外科、普通外科等国家临床重点专科21个，省级临床重点专科72个。