重庆中医药学院前身为1951年西南军政委员会卫生部创办的重庆中医进修学校，曾先后更名为四川省重庆中医学校、重庆市中医学校。2001年重庆市中医学校整体并入重庆医科大学，组建了重庆医科大学中医药学院。2022年经重庆市人民政府同意，教育部批准，以重庆医科大学中医药学院为办学基础，充分整合重庆市中医院、重庆市中药研究院、重庆市药物种植研究所等全市中医药教学科研优质资源组建重庆中医药学院，于2023年6月30日揭牌成立，9月2日正式开学。
学院选址重庆产教融合生态区（大学城西区），坐落于重庆市璧山区璧城街道蒲国宝路61号，依山临河，交通便利，环境优美，学院建设规划总占地面积1686.47亩。
学院拥有教学科研仪器设备价值约1.4亿元、纸质藏书51万册，直属附属医院7家，拟建附属医院和教学医院23家，中药类实践教学基地50个。拥有国家中医重点专科10个，国家临床重点专科5个，国家级卓越医生（中医）教育培养计划试点1个，省级重点学科27个。与重庆医科大学共建共享博士学位授权点1个、硕士学位授权点4个。拥有首批国家中医药传承创新工程建设单位2个、国家中医药传承创新中心建设单位1个、省部级以上科研平台33个、国家级中医药优势特色教育培训基地（中药）1个、国家级中医药优势学科继续教育基地（中药资源学）1个，全国中医药文化宣教基地1个，校级实验平台5个，为学院开展人才培养和科学研究提供了重要的平台支撑。
学院现有教师400余人，研究生学历人员占80%以上，副高级以上职称人员占40%以上，其中有全国名中医3人、国家青年岐黄学者2人、国务院特殊津贴专家17人、全国名老中医药专家传承工作室专家14人，重庆中青年医学高端人才20人，引进海外高层次人才3人。现已设置中医学、中药学、针灸推拿学、中医骨伤科学、中西医临床医学、中药制药、中医康复学、中医养生学、中药资源与开发、护理学、健康服务与管理11个本科专业。2023年学院首届招生1200人，规划到2026年全日制在校学生（含研究生）达6000人，到2030年全日制在校学生（含研究生）达10000人。