内蒙古财经大学始建于1960年，名称为内蒙古财经学院。1962年改建为内蒙古财贸干部进修学院，1965年改为内蒙古财贸学校。1979年恢复本科招生，1980年经国务院批准复建内蒙古财经学院。2000年学院与内蒙古经济管理干部学院合并成立新的内蒙古财经学院。2005年取得硕士学位授予权。2006年内蒙古财税职业学院、内蒙古工商行政管理学校并入学院。2012年经教育部批准，学院更名为内蒙古财经大学。学校是一所以本科和研究生教育为主、同时承担高等职业教育、继续教育培养任务，以经济学、管理学为主，理学、法学、文学、工学协调发展，具有鲜明财经特色的多科性应用研究型财经大学。
内蒙古财经大学历任校长
郭希哲 1992年1月至1995年8月任院长
王占荣 1995年8月至1997年3月任院长
尹正业 1997年3月至2004年12月任院长
张亚民 2004年12月至2014年4月任院长、校长（2012年更名大学后）
杜金柱 2014年4月至2023年2月任校长